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基因组是植物性状形成的“导航图”。解码荔枝基因组，对荔枝的基因编辑育种具有重要作用。
2022年1月，《自然·遗传学》曾刊发国家荔枝龙眼产业技术体系首席科学家、华南农业大学园艺学院院长胡桂兵团队的一项重要成果。该团队花了整整12年时间，利用最新的基因组测序数据，通过优化基因组组装策略，完成“妃子笑”荔枝基因组假染色体水平的组装，找到荔枝起源于中国云南的有力证据。
在解决了荔枝佳果“我从哪里来”重大问题的同时，他们还顺带找到了解决荔枝鲜果成熟期高度集中、保鲜期短、季节性过剩严重的新方法。
此外，福建农林大学基因组与生物技术研究中心的研究团队通过比较相关基因的转录组，揭示了荔枝果肉发育的相关机制，为培育荔枝新品种奠定了理论基础。
国家荔枝龙眼产业技术体系首任首席科学家、华南农业大学教授陈厚彬表示，借助荔枝全基因组信息，未来结合更大范围资源收集、重测序和其他多组学技术，可以揭示荔枝部分复杂经济性状形成的遗传规律和分子调控机制，为破解某些优质荔枝品种低产、“大小年”之困以及改善果实耐贮性提供技术研发新思路。
在国家荔枝香蕉种质资源圃（广州）荔枝圃常务副主任、广东省荔枝龙眼产业创新团队荔枝育种岗位专家严倩看来，荔枝的基因编辑育种尚处于起步阶段，从实验室培育到产业化落地，还有很长的一段路要走。但她相信，基因编辑育种未来必将为荔枝育种开辟一片新天地，培育出更多优质荔枝品种。